Μετά την Άλωση , πολλοί άνθρωποι για να σωθούν εγκατέλειψαν την Πόλη. Επειδή όμως ο σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ο Πορθητής ήθελε να την κάνει πρωτεύουσα του νέου κράτους του, ζήτησε από τους κατοίκους της να γυρίσουν πίσω, μάλιστα υποσχόταν την επιστροφή των σπιτιών τους αλλά και τη διαβεβαίωση της ασφάλειάς τους.
Πράγματι πολλοί γύρισαν και σιγά σιγά άρχισαν να δίνουν ζωή στην Πόλη. Επίσης ο Μωάμεθ επέβαλε στον πατριαρχικό θρόνο το Γεννάδιο Σχολάριο, οπαδό των ανθενωτικών.
Φυσικά και ήθελε να κάνει κάτι τέτοιο για να αποκόψει τελείως την επικοινωνία με τη Δυτική εκκλησία, αφού φοβόταν τυχόν ένωση των εκκλησιών ή κάποιων νέων Σταυροφοριών.
Ο Γεννάδιος κατά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης συνελήφθη από τους Τούρκους και μεταφέρθηκε ως σκλάβος στην Αδριανούπολη. Εκεί τον βρήκε ο Σουλτάνος Μωάμεθ Β΄ ο Πορθητής και τον όρισε Οικουμενικό Πατριάρχη, ενώ τυπικά εξελέγη από Σύνοδο που συνήλθε στο Ναό των Αγίων Αποστόλων στις 6 Ιανουαρίου 1454.
Τον αναγνώρισε επίσης ως θρησκευτικό και πολιτικό αρχηγό όλων των ορθοδόξων ενώ δικαστικές εξουσίες δόθηκαν στον κλήρο, βοηθώντας έτσι πολλές φορές η εκκλησία τους σκλαβωμένους Έλληνες. Μάλιστα πολλές φορές κατέφευγαν και Τούρκοι σε αυτά τα δικαστήρια γιατί τα είχαν περισσότερο εμπιστοσύνη.
Γύρω από το Πατριαρχείο, στη συνοικία Φανάρι,
εγκαταστάθηκαν πολλοί μορφωμένοι Έλληνες που κατέλαβαν με τον καιρό σημαντικές θέσεις στη διοίκηση της τουρκικής αυτοκρατορίας.
Είναι οι λεγόμενοι Φαναριώτες που πρόσφεραν πάρα πολλά στο έθνος.
Εκτός όμως από θρησκευτικές έκαναν και διοικητικές παραχωρήσεις, που ονομάστηκαν προνόμια όπως:
- άφησαν στους Έλληνες το εμπόριο, τη βιοτεχνία και τη γεωργία μια και οι ίδιοι ασχολούνταν μόνο με τον πόλεμο
- άφησαν του Έλληνες να οργανωθούν σε κοινότητες και πολλές φορές με αυτοδιοίκηση μια που κάτι τέτοιο τους βόλευε για να εισπράττουν καλύτερα τους φόρους.
Τα παραπάνω προνόμια εξυπηρετούσαν πρώτα από όλα τους Τούρκους όμως ωφέλησαν και τους Έλληνες αφού έτσι μπόρεσαν να κρατήσουν ζωντανή την πίστη τους, τη γλώσσα τους, τα ήθη και έθιμά τους να ενισχύσουν την αυτοδιοίκησή τους και να προοδεύσουν στο εμπόριο, τη βιοτεχνία και τη ναυτιλία.